C'è da dire una cosa, che, a parte Chrome, ogni browser vuole il suo flash player scaricato dal sito di adobe pertanto se disinstalli quello presente dalla lista delle applicazioni installate disinstalli quello degli altri browser (IE o FIREFOX).
Anche io uso Chrome e purtroppo devo dire che ho parecchi problemi su YouTube (solo su quello) e sono costretto a usare IE per i vedere i video.
Però puoi provare una cosa. Apri una pagina di Chrome, digita about:plugins nella barra di ricerca in alto e premi Invio.
Qui hai la lista di tutti i plugin che usa Chrome, tra cui quello del Flash player.
Prova a disabilitarlo e a installare il FlashPlayer da IE e controlla se chrome riesce ad utilizzare quello installato e non quello integrato.
Fammi sapere, ciao